超純水系統在制備超純水時，是用反滲透法對進入離子交換樹脂的原水預脫鹽，然后用超濾和微孔過濾除去水中的微粒和微生物。

在超純水系統中采用反滲透法制造超純水的優點為：脫鹽率高，產水量大，化學試劑消耗少，勞動強度低，水質穩定，離子交換樹脂壽命長，終端過濾器壽命延長；缺點：需要高壓設備，原水利用率只有75%-80%，膜要進行定期清洗。

超純水系統制備超純水流程有下面幾種形式：

①原水→預處理→離子交換→UV→離子交換→MF→用水點

②原水→預處理→離子交換→RO→UV→離子交換→MF→用水點

③原水→預處理→RO→離子交換→UV→離子交換→UF→用水點

④原水→預處理→離子交換→UV-RO/UF→離子交換→MF→用水點

⑤原水→預處理→RO→脫氣→離子交換→UV→RO/UF→用水點

⑥原水→預處理→RO→離子交換→UV→RO/UF→用水點

超純水系統超純水制備的所有流程均包括預處理、離子交換、紫外線殺菌與膜分離裝置，在用水點之前均設有膜分離裝置作為終端設備，同時設有循環流程使水質穩定，防止菌類污染。

超純水系統在制備純水時注意的問題有：純水的活度高，極易溶解氣體，吸收CO2，所以設備必須嚴格密封或充氮保護。如采用不銹鋼管輸送，內表面要經酸洗，盡量縮短輸送距離，同時要經常殺菌防止微生物污染。新設備運轉前要對整個系統進行滅菌，用活性炭和陽離子交換樹脂在溫度105oC下，滅菌30-60min，或將樹脂轉變為鈉型后再用0.5%NaCIO溶液浸1-3h，或用0.5%-1%甲醛進行3-8h的循環或浸泡。超純水系統一般一個月滅菌一次，對制藥工業每周滅菌一次。